Al piano terra, sul lato sinistro del salone, una porta conduce alla mostra sui capolavori provenienti dall’Istria.
Suddivise in quattro sale, sono esposte ventuno opere provenienti da musei e chiese di Capodistria, Pirano e Portorose messe in salvo nel 1940 in luoghi sicuri del Friuli, insieme alla maggior parte del patrimonio artistico dell’area istriana e friulana, in attuazione delle leggi emanate per la protezione del patrimonio nazionale in caso di guerra. Le opere furono portate a Roma nel 1948 e conservate fino al 1972 nel Museo Nazionale Romano, da cui furono trasferite a Palazzo Venezia. Nel 2002 tutte le opere vennero estratte dalle loro casse per avviarne il restauro, a cura del Ministero per i Beni e le Attività Culturali, in previsione di una mostra da realizzarsi a Trieste. Nel 2004 il restauro si è concluso ed ora le opere vengono riconsegnate al pubblico degli studiosi dopo tanti anni di inaccessibilità. Le opere rappresentano un campione della produzione artistica veneziana nei suoi secoli più fecondi dal Tre al Settecento, con alcuni momenti particolarmente qualificanti come le opere su tavola di Paolo Veneziano e di Alvise Vivarini, il telero di Vittore Carpaccio e la pala d’altare di Giambattista Tiepolo. Il restauro ha permesso non solo il pieno recupero di tutte le opere ma anche la messa a punto della loro cronologia. Si possono citare ad esempio la nuova proposta di attribuzione per l’Annunciazione della chiesa di S. Stefano di Pirano, riferita ora a Matteo Ponzone e per il Cristo dolente già presso il Pio Istituto Vittorio Emanuele III di Pirano, assegnato a Francesco Terilli.